1、2006年我院获得国家自然科学基金15项；发表第一作者SCI论文180篇，其中国内76篇，国外104篇。

2、我院天然药物及仿生药物国家重点实验室顺利通过评估。

3、我院顺利通过十五“211工程”的验收。

4、我院“药物化学课程”荣获国家级精品课程；《有机化学》、《物理化学》获2006年全国高等学校医药优秀教材奖。

5、王夔院士荣获高等学校教学名师奖和北京大学第一届“蔡元培奖”。

6、张英涛副教授被评为北京市师德先进个人。

7、我院启动第二批青年教师科研基金。

8、我院荣获医学部教代会制度建设先进单位称号。

9、我院荣获医学部校务公开先进单位称号。

10、我院通过医学部教职工之家验收，并评定为模范教职工之家。